Giunto a Roma nel 1660, quando vi operavano Pietro da Cortona, il Borromini e il Bernini, fu dapprima allievo e collaboratore di quest'ultimo nell'ampliamento di Palazzo Chigi-Odescalchi (iter 7) . Nel 1683 eseguì la facciata di S. Marcello al Corso , nel 1702 il porticato prospiciente la chiesa di S. Maria in Trastevere e la fontana antistante (iter 5) ; la cappella Cybo in S. Maria del Popolo , quella Ginnetti in S. Andrea della Valle e il completamento della cappella del fonte battesimale in S. Pietro sono buoni esempi della sua compostezza compositiva; completò il Palazzo di Montecitorio (iter 7) , iniziato dal Bernini, per il quale aveva ideato un grandioso progetto rimasto ineseguito; propose di erigere una chiesa nell'interno del Colosseo e di dare una nuova sistemazione ai Borghi e all'accesso di Piazza S. Pietro, ma anche questi progetti non furono mai attuati. Per quanto subisse l'influenza del Borromini e del Bernini, interpretò il dinamismo barocco in modo più pacato, divenendo così il punto di partenza dell'architettura del Settecento a Roma. In una serie numerosa di trattati e di scritti, oltre ad illustrare argomenti tecnici di architettura e di idraulica, dette notizie sui lavori da lui compiuti o su quelli progettati. Ebbe due figli: Baldassarre (Chiasso 1658 - Bruna, Moravia, 1729), scultore, stuccatore e architetto, operoso in Moravia e Polonia; Francesco (Roma 1668 - Castel Gandolfo 1708), architetto, autore della ricostruzione dell'interno della Basilica dei SS. Apostoli in Roma. Il figlio di Francesco, Mauro (1701-1769), progettò a Roma la chiesa e il convento delle Orsoline e la cappella al beato Sauli nella chiesa di S. Carlo ai Catinari.

Da un fratello di Carlo, di nome Giovan Battista , nacquero due figli anch'essi architetti: Girolamo (attivo tra il 1690 e il 1714), autore della facciata del Duomo di Frascati; Carlo Stefano Fontana (attivo intorno al 1700), che costruì la facciata e il convento di S. Clemente (1711) a Roma (iter 4).

FONTANA , Carlo
Si dedicò dapprima alla scultura di genere ( Falena, Voluttà, Maternità ), per volgersi poi a quella monumentale: quadriga per il monumento a Vittorio Emanuele II a Roma (iter 1), monumento ai caduti a Tivoli, il Genio della stirpe per il monumento a Garibaldi a Sarzana, ecc.

Giovanni Fontana (Melide 1540 - Roma 1614), che fu idraulico di vaglia, operoso a Civitavecchia, Frascati, Loreto e Roma (fontana dell'Acqua Paola, sul Gianicolo (iter 5) ; in collaborazione con C. Maderno). Un figlio di Domenico, di nome Giulio Cesare (n. a Roma), nel 1627 era operoso a Napoli, impegnato a costruirvi il Palazzo degli Studi.